Es gibt viele Möglichkeiten ein Upsert (“Update if exists else Insert”) mit SSIS umzusetzen. Wer das SSIS Upsert Pattern bisher noch nicht kennt, kann sich das anhand folgendem Video oder den Blogeintrag von Matt Masson anschauen:

http://pragmaticworks.com/AboutUs/Blogs/TabId/396/PostId/13/SSIS-Upsert-Pattern.aspx
http://blogs.msdn.com/b/mattm/archive/2008/11/22/lookup-pattern-upsert.aspx